Конец второго сезона аниме - Нанналли снова может видеть, Сузаку исполняет последний акт Рэквиема по Зеро, прилюдно умертвляя юного императора Лелуша ви Британия. Приговоренные члены Ордена спасены, тоже касается принцессы Корнелии и прочих... Все счастливы, в общем, кроме разумеется Нанналли, которая только что потеряла любимого брата, и сэра Джеремии, искренне привязанного к покойному наследнику Британского престола.

... 2020 год. Священной Британской Империей успешно правит Корнелия ли Британия, Нанналли выступает в качестве ее правой руки, Зеро оказывает всяческую поддержку Ордену Черных Рыцарей по восстановлению Японии, Китайская Федерация мало-помалу налаживает внутреннюю экономику своей страны...
Тем временем студенты Академии Ашфорд, пережившие события двухлетней давности, заканчивают учебу - в этом году у них выпуск.
Казалось бы, так и должно быть. Жизнь идет своим чередом, следуя своим закономерностям.

... Стройная зеленоволосая девушка появляется перед дверью. Немного помедлив на пороге, она бесшумно проникает в помещение. Тихие шаги отзываются гулким эхом и исчезают в невесомости.
Кажется, здесь не стало Мао.
На ее лице не отображается ничего - безжизненная маска, надежно скрывающая эмоции.
Но... что это там сверкнуло?
С любопытством шевельнув бровью, зеленоволосая шагает в сторону, где увидела слабую вспышку света.
... Увы, ничего интересного. Это всего лишь осколок зеркала.
Девушка поднимает его и без особого интереса вертит в руках.
- ...! - отколотый острый край впивается в кожу на указательном пальце, вынуждая отбросить бесполезное стекло подальше.
С досады пнув его носком ботинка, Шицу (а это была именно она) толкает дверь и покидает здание...
... и только тяжелый задымленный воздух, на месте которого буквально несколько минут назад был свежий, приятный - неожиданно подсказывает, что в злополучном стекле, которое она сейчас выбросила, на протяжении нескольких секунд напряженно всматривался в ее отражение... такой знакомый глаз с красным зрачком и знаком Гиаса внутри.

... 2017 год. Сила C.C. при соприкосновении с точкой выплеска энергии Лелуша, некогда активизированной им, сделала свое черное дело. Мир перевернулся - настоящее переплелось с прошлым и будущим, в реальности проявились бреши, сквозь которые удалось просочиться как умершим на самом деле, так и другим потусторонним существам.
Человечеству придется пройти весь свой долгий тернистый путь заново, но отныне им нужно считаться с демонами, бесами и другими порождениями зла.